Le Contrat Social se clôt sur un étrange chapitre, intitulé "De la Religion Civile", qui définit ce quo'n a pu appeler une religion laïque, quelquefois assimilée au patriotisme. Cette religion n'est pourtant pas seulement politique et immanente, puisqu'elle demande d'accepter comme dogmes "l'existence de la Divinité puissante, intelligente, bienfaisante, prévoyante et pourvoyante, la vie à venir, le bonheur des justes, le châtiment des méchants, la sainteté du Contrat social et des Lois".

Comme souvent Rousseau déconcerte tout le monde: les tenants de la libre pensée lui reprocheront de n'avoir pas pu se passer d'une construction religieuse pour clore son système politique. Les Chrétiens sont si vivement critiqués, qu'ils ne peuvent accepter le propos de Rousseau et ce chapitre fera beaucoup pour la condamnation du Contrat Social.

Quelle est la nécessité de cette religion civile? Ce recours à une transcendance signe-t-il l'échec de Rousseau à fonder une société politique autonome sur des conventions humaines? Comment comprendre que le "Souverain ne puisse obliger personne à (...) croire", mais qu'il ait le droit de bannir ou même de punir de mort ceux qui n'accepteraient pas les dogmes de cette religion, ou qui se conduiraient comme s'ils ne les croyaient pas après les avoir publiquement reconnus? Malgré ses dénégations, Rousseau serait-il intolérant?